يعتبر المختبر من الأقسام الحيوية والمهمة بالمستشفى ويسعى لتوفير كافة الفحوصات المخبرية الملبية لحاجة الأطباء الاختصاصيين للتشخيص الدقيق للمرضى. ويحتوي المختبر على عدد من الأجهزة أهمها :

- جهاز فحص الدم العام.
- جهاز الكيمياء.
- جهاز قياس هشاشة العظام.
– جهاز قياس تحاليل الدم.
- جهاز قياس الغازات.
كما يضم المختبر وحدة تنظيمية خاصة بالجودة لمراقبة كافة الآليات والبروتوكولات العالمية عند إجراء أي فحص في المختبر وتطبيق معايير ومقاييس (ISO) العالمية.